Atoopilistel koertel kinnitavad bakterid end lihtsamini nahapinnale. See võib viia infektsiooni tekkeni. Teisalt võivad mõnede bakterite toksiinid soodustada allergilise reaktsiooni teket. Bakteriaalsed infektsioonid väljenduvad sageli punaste paapulite, pustulite, koorikute või kõõmana. Pärmseened koloniseeruvad koera kehal soojadesse, niisketesse ja rasustesse piirkondadesse. Seal nad paljunevad põhjustades naha punetust ja sügelust.
Sageli määratakse nahakahjustuste kiiremaks leevendamiseks antiseptilisi šampoone. Piiritletud nahakahjustuste puhul võib vahel kasutada paikseks raviks mõeldud antiseptilisi lahuseid.
Atoopilistel koertel kasutatakse sageli antibiootikume. Need on sageli esmaseks raviks ja pikaajaliste kuuridena.
Seenevastased ravimid on seente ja pärmseente poolt põhjustatud infektsioonide raviks.
Antiseptilisi vahendeid peab kasutama kuni nahakahjustuste kadumiseni, sageli kasutatakse teise valikuma nahka niisutavaid ja pehmendavaid tooteid.
Antibiootikumid ja seentevastased ravimid on sageli määratud pikaks perioodiks (kuni infektsiooni kontrolli alla saamiseni).